Am Slawenkongress am 1. Juli 1848, der die österreichischen Slawen als Gesamtheit gegen die Deutschen und Magyaren verstärken sollte, kam es zu Unruhen und Gewalttaten durch radikale Tschechen, die Fürst Windischgrätz in wenigen Stunden niederschlug. Seine Frau, eine geborene Prinzessin Schwarzenberg, wurde in ihrem Zimmer von einer verirrten Flintenkugel getötet.
Auf Antrag des sudetendeutschen Bauernsohns Hans Kundlich beschloss man im Sommer 1848 im Reichstag in Wien das Gesetz zur Bauernbefreiung, das 2,5 Millionen Bauernstellen von allen grundherrnlichen Lasten befreite und mehr als 540 000 ehemalige Besitzer entschädigte.
Anfang Oktober bemächtigte sich die ungarische Revolutionsarmee der Herrschaft über Wien. Nach der Ermordung des Kriegsministers Graf Latour zog sich der Hof nach Olmütz und der Reichstag nach Kremsier (Mähren) zurück. Am 2. Dezember 1848 dankte der schwachsinnige Kaiser Ferdinand I. ab. Sein Neffe, der erst 18jährige Erzherzog Franz wurde als Kaiser Franz Josef I. zum Kaiser proklamiert. Felix Fürst von Schwarzenberg, der die Abdankung Ferdinands betrieben hatte, stand nun an der Spitze der Regierung. Am 2. November hatten die Truppen von Windischgrätz Wien erstürmt. Hart lastete die Faust der siegreichen Generäle auf die niedergeworfene Hauptstadt. Wegen Teilnahme am Aufstand wurde der Abgeordnete der Nationalversammlung in Frankfurt, Robert Blum aus Köln, standrechtlich erschossen.
Der Kaiser lehnte eine in Kremsier vom Reichstag erarbeitete Verfassung ab, die eine in Gemeinden, national abgegrenzten Kreise und Kronländer gefasste demokratische Selbstverwaltung sowie eine zwischen Monarchie und Parlament geteilte Zentralmacht vorsah. Am 4. März 1849 oktroyierte der Kaiser eine Gesamtstaatsverfassung, die jedoch nur teilweise demokratische Gedanken aus dem Reichstagsentwurf enthielt. Es fehlte die Sanktionierung durch die Völker. 1851 wurde die Verfassung wieder aufgehoben und der Neoabsolutismus in Österreich eingeführt. Zwar zogen die Sudetenländer wirtschaftlich von den eingeführten Reformen Nutzen, jedoch konnte das liberale Bürgertum die Niederlage von 1848/49 nicht so rasch verwinden. Verdiente Männer wie Kudlich mussten fliehen. Viele saßen in Haft oder mussten zum Militär. Die Zensur war drückend und erstickte jede freiheitliche Regung. Das Konkordat von 1855 sicherte der Kirche wieder die Aufsicht über die Schulen mit Ausnahme der Universitäten.
Nach dem Tod des Fürsten Schwarzenberg 1852 fehlte die Führungskraft und Österreich fiel innen- und außenpolitisch ins Chaos. Die Lombardei und die Toskana kamen nach Italien. Der Staatsbankrott war nahe. 1859 brach der Neoabsolutismus zusammen und der Kaiser kehrte zur konstitutionellen Regierungsform zurück.
Italien hatte sich vereinigt und Österreichs Interesse bestand darin, die deutsche Einigung zu verhindern, um die Führung im deutschen Bund für sich zu beanspruchen. Am 20. Oktober 1860 wurde eine förderalisierte Verfassung verkündet. Die Slawen begrüßten sie, das Bürgertum lehnte sie genauso wie Ungarn ab. Erst als Anton von Schmeling die Führung im Staatsministerium übernahm und am 21. Februar 1861 eine den deutschen Wünschen Rechnung tragende Verfassung verkündete, waren die Voraussetzungen für den Einfluss im Deutschen Bund geschaffen. Die Ungarn, Kroaten, Tschechen und Tiroler boykottierten diese, und der Reichsrat wurde von diesen nicht beschickt. Kaiser Franz Josef übernahm 1863 den Vorsitz des Fürstentages in Frankfurt und hoffte dort zu seinem Geburtstag, dem 18. August, zum Kaiser von Deutschland ausgerufen zu werden. Otto von Bismarck, seit 1862 preußischer Ministerpräsident, drängte den König von Preußen, Wilhelm I., dem Fürstentag fernzubleiben. Somit waren die Beschlüsse des Fürstentages wertlos.
Nur kurz währten die Gemeinsamkeiten zwischen Österreich und Preußen als man zusammen Dänemark bekriegte und durchsetzte, die Herzogtümer Schleswig und Luxemburg an Preußen sowie Holstein an Österreich abzutreten. Da jedoch Schleswig und Holstein trotz der Besitzteilung ein Herzogtum war, kam es zu dauernden Reibereien.
In Böhmen hatten sich die nationalen Gegensätze verschärft. Der Landtag bat im April den Kaiser, sich zum König von Böhmen krönen zu lassen. Sowohl die Bitte an den Monarchen als auch dessen zustimmende Antwort wurden in Tschechisch und Deutsch verfasst. 1864 erließ man das Sprachzwang-Gesetz. Die Jugend wurde veranlasst, die jeweils andere Landessprache zu erlernen. Vorlesungen in den Universitäten sollten ebenso wie die Prüfungen in Deutsch oder Tschechisch abgehalten werden.
Bei der Bundesversammlung am 14. Juni 1866 in Frankfurt kam es zum großen Bruch. Es war die letzte Versammlung des Deutschen Bundes. Am nächsten Tag begann der Krieg. Die Überlegenheit der preußischen Armee mit ihrem Feldherrn Helmut von Molke entschied den Krieg. In der größten Schlacht des Jahrh. kam es am 3. Juli 1866 bei Königgräz zur Entscheidung. Der Einfluss Bismarcks beim preußischen König Wilhelm, auf die Ausnutzung des militärischen Sieges zu verzichten, brachte den Vorfrieden von Nikolsburg, dem am 23. August 1866 der Frieden von Prag folgte. Österreich verlor jedoch die Provinz Venetien. Außerdem musste Wien der Auflösung des Deutschen Bundes und der Gründung des Norddeutschen Bundes zustimmen. Die Schlacht bei Königgrätz und der Prager Frieden waren für die in Österreich zur Minderheit gewordenen Deutschen verhängnisvoll. Besonders traf es die Sudetendeutschen. Einflussreiche Männer zog es nach Wien und das politische Leben in den Sudetenländern wurde immer provinzieller.
Bis 1866 versuchte Kaiser Franz Joseph hauptsächlich deutsche Politik zu machen, nun fehlte ihm der Rückhalt deutscher Staaten. So kam es zur Doppelmonarchie mit Ungarn. Der außerordentlich volkstümliche und überall hochgeachtete Franz Joseph konnte fast 50 Jahre das auseinander strömende Volksgemisch zusammenhalten. Für eine Politik in die neue Zeit fehlte ihm jedoch die nötige Vorausschau. Seine Gemahlin, die bayerische Wittelsbacher Prinzessin Elisabeth (Sissi), wurde 1898 in Genf ermordet. Schon 1889 hatte ihr Sohn Erzherzog Rudolf Selbstmord begangen, und 1867 war der Bruder des Kaisers Maximilian in Mexiko erschossen worden.