Während der Hussitenkriege hatten die deutschen Städte Böhmens schwer zu leiden. Obwohl sich die Sprachgrenze kaum veränderte, wurden die Städte im Inneren des Landes tschechisiert. Der Landadel hatte die Macht des Königtums und der Bürger gebrochen. Das gute alte deutsche Recht war harten Satzungen gewichen, und den Untertanen wurden schwere Lasten auferlegt. Erst das starke Königtum unter den Habsburgern brachte wieder größere Rechtssicherheit. Auch König Sigismund konnte nach 18 Jahren von seinem Königreich Böhmen Besitz ergreifen, starb jedoch schon 3 Jahre später im Jahre 1437. Seinen Nachfolger Albrecht II. von Österreich holte 1439 ebenfalls der Tod. Daraufhin erhielt die steirische Linie des Hauses Habsburg die Kaiserkrone.
Nach dem Tod Albrechts II. genossen die adeligen Herren in Böhmen die Macht in vollen Zügen. Sie gipfelte in der Landesordnung vom Jahre 1500, die sich gegen die Bauern, die Städte und gegen die Gleichberechtigung der deutschen Bevölkerung richtete.
1440 erhielt der Habsburger Friedrich II. die deutsche Kaiserkrone. Die Heiratspolitik, die Friedrich III. und sein Sohn Maximilian I. betrieben, war die Grundlage der habsburgischen Weltmacht. Karl V,. ein Enkel Friedrichs III., der seit 1515 Herzog von Burgund war, wurde 1519 zum deutschen Kaiser gewählt. Mit seinem Erbe Spanien hatte er ein Weltreich, in dem die Sonne nicht unterging. 1521 bekam Karls Bruder Ferdinand die Habsburger Erblande zugesprochen. Dieser vereinigte 1526 Böhmen, Ungarn, Kroatien mit Österreich. Fast 400 Jahre waren damit auch die Sudetendeutschen in der Donaumonarchie integriert.
Als der vom tschechischen Volk beliebte Landesverweser Podiebrad 1458 zum König Böhmens gewählt wurde, erhob dieser die tschechische Sprache zur Diplomatensprache mit den Nachbarstaaten
Folgenschwer wirkte sich die Entwicklung durch Luthers Reformation um 1520 in Deutschland aus. Die Deutschen übernahmen überwiegend den lutherischen Glauben, der in wenigen Jahren über die Gebirge in die böhmischen Bergstädte, ins Egertal, Nordböhmen und schließlich nach Schlesien und Mähren übergriff. Die Tschechen hingen weiterhin am altkirchlichen Christentum.
Ferdinands Nachfolger Maximilian II (1564-1576) war Anhänger Luthers, trat jedoch aus Rücksicht auf die spanischen Interessen nicht offen zum neuen Glauben über. Er begünstigte die Lutheraner, nicht jedoch die Calvinisten. Sein Nachfolger Rudolf II. (1576-1612), in Spanien streng katholisch erzogen, folgte ihm auf den Kaiserthron in Böhmen. Er war kein Eiferer und politisch zu schwach um die Reformation zu verhindern. Die katholisch gebliebenen Adelsgeschlechter, die Slavradea, Lokowitz und Liechtenstein, unterstützten die alte Kirche. Dem stand das ausgezeichnete Schulwesen der Protestanten gegenüber. Nun gründete man katholische Schulen und die Jesuiten traten auf dem Gebiet der Erziehung in erfolgreiche Konkurrenz zu den Protestanten. Jetzt schickten auch protestantische Herren ihre Söhne in die Jesuitenschule. In Komotau, Neuhaus und Krummau entstanden Kollegien, die sich bald eines hohen Rufes erfreuten. Am Ausgang das 16. Jahrhunderts war der Katholizismus in den Sudetenländern wieder an der Macht.
Rudolf II. war zwar ein schwacher Regent, jedoch eine geistig bedeutende Persönlichkeit und ein typischer Vertreter der bildungshungrigen Renaissance. Dies zeigte er als Sammler von Kunstgegenständen aus ganz Europa und mit seiner Berufung des Schwaben Johannes Kepler, der die Grundlagen moderner Astronomie schuf. Seine Lust am Bauen hinterließ deutliche Spuren seiner Regentschaft. Die Prager Judengemeinde erhielt in seiner Zeit ihre neue Synagoge, das jüdische Rathaus und ihr Hospital.
Als 1612 der menschenscheue Sonderling Rudolf II. starb, war er nur noch römischer Kaiser, denn sein Bruder Erzherzog Matthias wurde noch zu Lebzeiten Rudolfs von den böhmischen Ständen als König angenommen. Nach dem Tod Rudolf II. erhielt Matthias auch die römische Kaiserkrone. Noch vor seinem Ableben trotzten ihm die böhmischen Stände 1609 den berühmten Majestätsbrief ab, der ihnen Religionsfreiheit zusicherte.